Gyms zijn nu niet meer gebaseerd op aanzien en training, maar zullen draaien om motivatie van de Pokémon die zich daar bevinden. Iedere Pokémon in de zes plaatsen van een gym moet uniek zijn. Ook krijgt elke Pokémon een motivatiemeter, die de combat points tijdelijk beinvloedt. Spelers moeten hun Pokémon motiveren met berries, om te voorkomen dat ze gemakkelijker worden verslagen vanwege een gebrek aan motivatie.
Ook worden Gym Badges geïntroduceerd, die dienen als herinnering aan het verslaan van een gym. Deze badges kunnen stijgen in level door onder andere te draaien aan de fotodisk, die spelers nu net als Pokéstops items zal geven.
Tot slot kunnen spelers met twintig man raids doen tegen extreem sterke Pokémon. De Raid Pass die hiervoor benodigd is zal eenmaal per dag gratis beschikbaar zijn, maar ook beschikbaar worden in de in-gamewinkel. Wanneer spelers de eindbaas binnen vijf minuten verslaan, krijgen ze de kans om een zeer sterke Pokémon te vangen, alsmede nieuwe items.